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今回は，スパコン上でデータをダウンロードし，解凍して作業を進める． ファイル転送. 遺伝研スパコンにデータを転送する． 1. FileZilla, WinScp などのファイル データのダウンロード SRA Toolkit16: SRA から sra データの取得，fastq への変換. 参考文献. 1. 1.1 Linuxターミナルにコマンドを入力する; 1.2 PythonからLinuxコマンドを実行する; 1.3 PythonスクリプトでFTPダウンロードする 3 公共データベースからのNGS出力ファイル(SRAファイル)の取得; 4 関連記事・スポンサーリンク Toolkitを用いてSRAファイルを直接ダウンロード可能です。fasterq-dumpコマンドにSRA RUN IDを指定して実行すると、直接NCBIデータベースからダウンロードして、FASTQファイルに変換してくれます。
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